ومن ناحية أخرى اتفق برقوق مع الأمير يلبغا الناصري والأمير بركة الجوباني على التخلص من إينبك أثناء خروجه لقمع الثورة في سوريا، وهو ما حدث، وأصبح الحل والعقد بيد ثلاثة من الأمراء اليلبغاوية هم يلبغا الناصري الذي عين أتابكاً للعسكر، وبركة الجوباني الذي عين أمير مجلس، وبرقوق الذي عين أمير آخور. ولاحقاً أبعد بركة وبرقوق يلبغا الناصري إلى نيابة طرابلس، وخفاءً تنافسا على الزعامة، وبعدما تخلصا من طشتمر الذي كان يتولى الأتابكية مكان يلبغا، أسند المنصب إلى برقوق، فاستدعى يلبغا الناصري ليتولى إمرة سلاح، واستغل كره الناس لبركة وأخذ يعمل على التخلص منه، فتودد إلى المماليك الأشرفية وعادى مماليك بركة وأظهر نفسه في موقف المدافع عن السلطان أمام طغيان بركة، وعندما أصبح العداء سافراً بين الطرفين، دار بينهما معارك انتهت برجاحة كفة برقوق الذي وقف بجانبه العامة، وقبض على بركة ومماليكه وحبسوا بالإسكندرية، وحبس أيضاً يلبغا الناصري، ولاحقاً أوعذ برقوق سراً إلى نائب الإسكندرية بقتل بركة في السجن حتى لا يظهر أمام العامة في صورة سفاك الدماء

وعندما أدى مهمته أظهر برقوق غضبه عليه وسلمه لأتباع بركة فقتلوه. عندما توفي السلطان المنصور علي لم يجسر برقوق على التسلطن بعده رغم قوته ونفوذه وذلك لامتعاض كبار الأمراء الذين أجمعوا على الاحتفاظ بالعرش لبيت قلاوون، فسلطنوا الصالح حاجي على أن يشترك معه برقوق في تدبير أمور الدولة، فاتبع سياسة التقرب إلى العامة وزيادة شعبيته ما أخاف أعداؤه وفي نفس الوقت خشي أنصاره على أنفسهم من المؤامرات فاجتمعوا واستقر رأيهم على سلطنة برقوق سنة 784هـ/1382م، فعمل على إرساء قواعد دولته ومكافحة المماليك الترك ومؤامراتهم ضده، وتمثلوا في ذلك الوقت في فرقتين اليلبغاوية الترك الذين وافقوا على سلطنته فأشركهم في الحكم شكلياً ليأمن شرهم، وفرقة الأشرفية الترك وقد عادى هؤلاء، فلما ثاروا ضده أمعن في اضطهادهم وإبعادهم إلى سوريا فاتحدوا ضده بقيادة الأمير تمربغا الأفضلي المعروف بمنطاش نائب ملطية، فأفرج برقوق عن يلبغا الناصري وأعاده إلى نيابة حلب في محاولة لكسب تأييد اليلبغاوية فاتفق الاثنان منطاش ويلبغا على برقوق وحرضا أمراء مصر على الثورة ضده، فاضطر برقوق إلى تجريد عدد من أمراؤه لقتالهما بقيادة الأمير جركس الخليلي فقتل وهزمت عساكره، وتقدم يلبغا إلى القاهرة وفر من مع السلطان من المماليك إلا بعض مماليكه الخاصكية الذين انكسروا أمام مماليك يلبغا، فعرض برقوق الصلح سنة 791هـ/1389م وتنازله عن السلطنة مقابل الإبقاء على حياته، فوافق يلبغا وأمنه وحبس برقوق في قلعة الكرك، وأوصى يلبغا نائبها أن يفرج عنه إذا ثار منطاش عليه، أما يلبغا فلم يسلطن نفسه خوفاً من الأشرفية والجراكسة واستقر الرأي على إعادة السلطان الصالح صلاح الدين حاجي آخر ملوك أسرة قلاوون ولقب بالمنصور. أساء يلبغا استخدام سلطته، ونقم عليه منطاش ومماليكه لاستئثاره بالسلطة فهاجم القلعة ما اضطر يلبغا إلى الفرار، وتودد منطاش إلى السلطان فعينه أتابكاً، وتتبع يلبغا حتى قبض عليه وسجنه، واضطهد الجراكسة، وبدت الظروف تآزر عودة برقوق، فدبر منطاش لقتله، وقتل حسن الكجكني نائب الكرك، فكشف الأخير المؤامرة وتحالف مع برقوق، وبايع أهل الكرك برقوق، وانضم إليه الأمراء الجراكسة في مصر وسوريا، ومع وصول تلك الأنباء إلى منطاش جهز حملة بقيادته للزحف إلى سوريا ومعه السلطان، وعندما التقى الطرفان انكسرت عساكر منطاش وتقهقر إلى دمشق، واعتقل برقوق السلطان فأبدى رغبته بالتخلي عن السلطنة، وبويع برقوق بالسلطنة سنة 792هـ/1390م، وعاد إلى القاهرة التي استقبلته بحفاوة، وبدأ بناء دولته الجديدة معتمداً على العصبية الجركسية بسياسة عاقلة حذرة، فأفرج عن يلبغا الناصري وألطنبغا الجوباني كسباً لودهم واستغلالاً لعدائهم لمنطاش وأرسلهما لقتاله، فقتل ألطنبغا بينما انقلب يلبغا على السلطان بعد حين، فخرج برقوق بنفسه على رأس تجريدة إلى الشام وقتل يلبغا، وقبض على منطاش وقطع رأسه وعلقها على باب زويلة. وبالقضاء على ألد أعداؤه أزال برقوق أهم عقبات توطيد حكمه ولم تقم بعد ذلك أي محاولة للترك لإثارة الفتن والقلاقل ضد السلطنة المملوكية الثانية. بقي برقوق على كرسي السلطنة حتى توفي سنة 801هـ/1399م ودفن بصحراء المماليك (العباسية حالياً) مع مجموعة من العلماء والصالحين منهم الشيخ علاء الدين السيرامي وأوصى ببناء تربة عليهم يلحق بها مسجد وخانقاه، فنفذ وصيته ابنه الناصر فرج بن برقوق وأنشأ المبنى المعروف حالياً باسم مجموعة السلطان الناصر برقوق أو مسجد ومدرسة وخانقاه الناصر فرج بن برقوق، وقد أثنى عليه كثير من المؤرخين فوصفوه بالشجاعة وحب الفروسية وإجادة اللعب بالرمح، وأنه أبطل كثيراً من المكوس، أما ملكه فاتسع حتى وصل إلى ماردين والموصل وغيرها، وكان محباً للعمارة فأجرى إصلاحات بالحرمين المكي والمدني، وجدد عمائر أخرى بالإسكندرية ودمنهور ودمياط والقدس، وأنشأ قبة الشيخ رجب الشيرازي ثم هذه المدرسة