بعد الانتهاء من بناء المسجد في 972، وظفت السلطات 35 عالم في مسجد في 989، ويعتبر المسجد ثاني أقدم جامعة قائمة بشكل مستمر في العالم بعد جامعة القرويين. وقد اعتبرت جامعة الأزهر الأولى في العالم الإسلامي لدراسة المذهب السني والشريعة، أو القانون الإسلامي.

أُمِّمَت جامعة متكاملة داخل المسجد كجزء من مدرسة المسجد منذ إنشائه، وعينت رسميا جامعة مستقلة في عام 1961، في أعقاب الثورة المصرية لعام 1952.

صلاح الدين الأيوبي والسلاطين الأيوبيون السنيون الذين أتوا من بعده تجنبوا الأزهر على مدى تاريخ طويل، وقد أهمل المسجد بالتناوب وبشكل كبير؛ لأنه تأسس باعتباره مؤسسة لنشر المذهب الإسماعيلي،  وقد أزيلت مكانته باعتباره مسجدًا شيعيًّا وحرم الطلبة والمدرسون في مدرسة الجامع من الرواتب.

في عهد السلطنة المملوكية عُكِسَت هذه التحركات، حيث بلغ الاهتمام بالأزهر ذروته، وكان ذلك بمنزلة العصر الذهبي للأزهر، وقاموا بالعديد من التوسعات والتجديدات التي طرأت على البنى التحتية للمسجد، كما أظهر الحكام في وقت لاحق من مصر بدرجات متفاوتة الكثير من الاهتمام والاحترام للمسجد، وقدمت على نطاق واسع مستويات متفاوتة من المساعدة المالية، على حد سواء إلى المدرسة وإلى صيانة المسجد.

اليوم، لا يزال الأزهر مؤسسة لها تأثير عميق في المجتمع المصري ورمزاً من رموز مصر الإسلامية.

التسمية

تأسست مدينة القاهرة بواسطة جوهر الصقلي، وهو قائد فاطمي رومي من أصل يوناني من جزيرة صقلية، وأطلق عليها اسم المنصورية، وأعدت المنصورية لتكون مقراً للخلافة الفاطمية المتواجدة في تونس، وقد استخدم المسجد لأول مرة في عام 972، وسُمّي في البداية بجامع المنصورية، وقد كانت تسمية المسجد باسم المدينة التي يتواجد بها ممارسة شائعة في ذلك الوقت، مع دخول الخليفة المعز لدين الله لمصر قام بتسمية المدينة بالقاهرة، وهكذا أصبح اسم المسجد جامع قاهرة، في أول نسخه من المصادر العربية.

اكتسب المسجد اسمه الحالي، الأزهر، في وقت ما بين الخليفة المعز، ونهاية عهد الخليفة الفاطمي الثاني في مصر العزيز بالله، والأزهر معناه المشرق وهو صيغة المذكر لكلمة الزهراء، والزَّهْرَاءُ لقبُ السيدة فاطمة بنتِ الرسول محمد، زوجة الخليفة علي بن أبي طالب، وقد ادعى المعز وأئمة الدولة الفاطمية أنهم من سلفهم؛ وهي نظرية واحدة لمصدر تسمية الأزهر،  هذه النظرية، ومع ذلك، لم تُؤَكَّد هذه النظرية في أي مصدر عربي، وقد استُحْسِن دعمها كلياً، وقد نفتها مصادر غربية في وقت لاحق.

نظرية بديلة هي أن اسم المسجد اشتق من الأسماء التي قدمها الخلفاء الفاطميين إلى قصورهم، القريبة من المسجد والتي سميت بشكل جماعي بالقصور الزاهرة تيمنًا بالحدائق الملكية بها، التي اختيرت من قبل العزيز بالله، وقد انتُهِىَ من القصور وغُيِّر اسم المسجد من جامع القاهرة إلى الأزهر.

أما اشتقاق كلمة جامع من جذر الكلمة العربية الجامعة، وتعني «الجمع»، ويتم استخدام الكلمة للمساجد التي تجمع الكثير من الناس. بينما في اللغة العربية التراثية اسم الأزهر تم تغييره إلى جامع الأزهر، ونطق كلمة جامع هي تغييرات كلمة جماعة "في لهجة مصرية