أمام باب القبة يقع باب المدرسة، وقد كانت تخربت فعنيت لجنة حفظ الآثار العربية بإصلاح إيوانها الشرقي، وهو إيوان ذو نظام خاص لم يسبق له مثيل بمصر، فقد أقيم على فتحته عمودان يحملان عقدان كبيران، يكتنف كل منهما فتحتان معقودتان مستطيلتان، يعلو ذلك شباك مستدير يكتنفه كتفان بكل منهما ثلاثة شبابيك بعضها فوق بعض. ينقسم هذا الإيوان إلى ثلاثة أروقة أوسطها أكبرها، وسقفه محمول على عمد رخامية تعلوها عقود حليت هي والشبابيك المستديرة أعلاها بزخارف جصية، كما توجد كوابيل متقابلة بوجه أرجل العقود أعلى الأعمدة. والقسم الأوسط من الإيوان مغطى بسقف مستو وكان في الأصل مغطى بقبو معقود. ومحراب القبلة أقل فخامة من محراب القبة وطاقيته وتواشيحه من الفسيفساء المذهبة ويجاوره منبر بسيط وهو ليس المنبر الأصلي بل من أعمال الأمير أزبك من ططخ سنة 899هـ/1494م

أما الإيوان الغربي فقد تخرب وضاعت معالمه وأجريت به إصلاحات لصيانته، وألحق بالواجهة سبيل وكُتَّاب من أعمال الناصر محمد بن قلاوون. وبالنسبة للبيمارستان فقد أبقى المهندس على قاعة ست الملك وهي جزء من القصر الفاطمي الغربي واستخدمها بيمارستاناً، وهي ذات إيوانات أربعة بكل إيوان شاذروان وبدور قاعتها فسقية، وتنحصر بقايا البيمارستان في بقايا إيوانين كبيرين وهما قسم من الإيوان الشرقي به فسقية رخامية وقسم من الإيوان الغربي وبه سلسبيل حليت حافته بحيوانات تنحدر المياه إلى فسقية فمجراة من الرخام ومثل هذا موجود في قصر الحمراء بالأندلس من أعمال الترميم القديمة بالمجموعة منبر إيوان القبلة، وهو منبر خشبي بسيط أضافه للمجموعة السلطان الملك الظاهر سيف الدين جقمق، واسمه منقوش عليه بما نصه: «أنشأ هذا المنبر المبارك السلطان المالك الملك الظاهر محمد أبو سعيد جقمق عز نصره». وخلال القرن التاسع عشر قامت لجنة حفظ الآثار العربية بأعمال جليلة في ترميم عمارة مباني المجموعة، فأصلحت رخامها ونجارتها وقومت مبانيها وأصلحت السقوف وذهبتها، كما أنشئت القبة الكبيرة سنة 1311هـ/1893م طبقاً لصورة قديمة واحتفظت بمقرنصها القديم المشحون بالزخارف الملونة والمذهبة، وكذلك أنشئت قبة الفسقية بالصحن المكشوف سنة 1314هـ/1896م لتحل محل سابقتها القديمة التي لم يبق منها إلا فوارتها. وقد عثرت اللجنة سنة 1938 على نحو مائة وخمسين قطعة زجاجية من مشكاوات منقوشة بالميناء بالمكتبة الملحقة بالقبة وتم إيداعها دار الآثار العربية، فأكملت بها مشكاوات ناقصة كانت منقولة إليها من المجموعة في وقت سابق. وخضعت المجموعة حديثاً لأعمال ترميم ضمن مشروع تطوير القاهرة التاريخية وتحويل شارع المعز لدين الله الفاطمي إلى متحف مفتوح

الترميم

سقطت منارة المجموعة على إثر زلزال سنة 702هـ/1302م، فقام السلطان الناصر محمد بن قلاوون بإنشائها سنة703هـ/1303م بمعرفة الأمير سيف الدين كهرداش المنصوري، كما أحاط المثمن بالقبة بمقصورة خشبية حليت بنقوش وكتابات، وكتب اسمه عليها، كذلك ألحق بواجهة المدرسة سبيل وكُتَّاب أنشأه على روح والده المنصور قلاوون سنة 726هـ/1326م بمباشرة الأمير آقوش نائب الكرك. وأضاف المنبر الحالي إلى إيوان القبلة الأمير أزبك من ططخ سنة 899هـ/1494م كذلك أضاف قبة أعلى الفسقية التي كانت بالصحن. وفي سنة1174هـ/1760م قام عبد الرحمن كتخدا بتغييرات على أحد بابي القبة المؤدي إلى القاعة أمامها، وعلى باب المدرسة المقابل له وهما البابان الرئيسيان كما هدم القبة الخارجية الكبيرة، والتي أعادت بناءها لجنة حفظ الآثار العربية سنة 1326هـ/1908م على مثال قبة الأشرف خليل بن قلاوون المعاصرة لها، كما وجه هرتس باشا عنايته لترميم زخارفها وسقوفها وشبابيكها ونجارتها واستمر العمل بها من سنة 1903 إلى سنة 1911، كذلك عنيت اللجنة بإصلاح الإيوان الشرقي للمدرسة في الفترة من1916 إلى 1919. وقد عثرت اللجنة في القسم البحري للبيمارستان على أجزاء من سقوف خشبية بها رسوم طيور وحيوانات وكتابات كوفية نقلت إلى دار الآثار العربية.

تعرضت المجموعة للتصدع بعد زلزال 1992 ما استدعى تنفيذ مشروع ضخم لترميمها على مراحل، حيث كانت تعاني من بعض التصدعات ووجود المخلفات الأثرية، وارتفاع منسوب المياه الجوفية، والتي أدت إلى إتلاف بعض الأساسات. بدأت أعمال الترميم سنة 1998 وتضمنت عمل لوحات للرفع المساحي للمجموعة، بالإضافة إلى أعمال التوثيق الفوتوغرافي، وكذلك التوثيق من خلال الفيديو والديجيتال لجميع العناصر الأثرية، واستبدال بعض الأحجار التالفة التي لا يمكن معالجتها بأخرى من نفس نوعية الأحجار القديمة، وكذلك ترميم محرابي المدرسة والقبة، وافتتاح البيمارستان لأول مرة للزيارة.