تتمتع واجهة الجامع بزخارف ونقوش فريدة، حيث تتمتع الواجهة معمارية من دلايات ونقوش خطية ونباتية محفورة بالحجر، فالدوائر الزخرفية التى تبدو كالشمس الساطعة تحمل فى ثناياها الداخلية اسم الإمام علي بن أبي طالب والزخارف الشمسية على واجهة الجامع .

كتابه "مساجد القاهرة وآثارها"، إنها الظاهرة الأولى للزخرفة فى واجهة مسجد الأقمر هى الإشعاعات الصادرة عن مركز يمثل الشمس فى أغلب الأحيان، وإذا ما اتجهت الأنظار إلى الطاقة الكبرى التى تعلو الباب سنلاحظ أنه يتوسطها فى دائرة صغيرة نقش لاسم سيدنا محمد، صلى الله وعليه وسلم، وعلى بن أبى طالب، رضى الله عنه، تحيط بها ثلاث حلقات، نقش على الحلقة الوسطى منها بالخط الكوفى ما نصه بسم الله الرحمن الرحيم "إِنَّمَا يُرِيدُ اللَّهُ لِيُذْهِبَ عَنْكُمْ الرِّجْسَ أَهْلَ الْبَيْتِ وَيُطَهِّرَكُمْ تَطْهِيراً"، وكأنما أريد بهذه الشموس المضيئة أن تعبر عن قوله تعالى «جَعَلَ الشَّمْسَ ضِيَاءً وَالْقَمَرَ نُوراً»ء

الترميم

ويقول المؤرخ تقى الدين أحمد بن على المقريزى، فى كتابه "المواعظ والاعتبار فى ذكر الخطط والآثار"، عن الإصلاحات التى تمت بالمسجد،  فلما كان فى شهر رجب سنة تسع وتسعين وسبعمائة، جدده الأمير الوزير المشير الأستادار يلبغا بن عبدالله السالمى، أحد المماليك الظاهرية، وأنشأ بظاهر بابه بالبحرى حوانيت يعلوها طباق، وجدد فى صحن الجامع بركة لطيفة يصل إليها الماء من ساقية، وجعلها مرتفعة ينزل منها الماء إلى من يتوضأ من صنابير نحاس ونصب فيه منبراً 

ويروى الجبرتى، كما أن سليمان آغا السلحدار، أمر بتجديد الجامع فى عام "1236 هـ ـ 1821 م"، فى عهد محمد على باشا، ليعيده إليه الخدمة مرة أخرى، بعد فتره من الإهمال ضربت أركان الجامع.